创伤治疗
厦门市第三医院地处厦漳泉、福厦高速公路交通中心位置，作为福建省道路交通伤员救治定点医院。几年来，已成功地救治一批又一批急危重伤员，积累了丰富的临床经验。在骨科、神经外科两个重点专科基础上，加大胸外科建设及人才引进培养，技术力量雄厚，并装备有一整套先进的医疗设备，如螺旋CT、核磁共振、大C臂机、神经外科手术显微镜、ICU重症监护系统等，引进血管外科、断肢（指）再植技术，已形成四肢、脊柱、断肢等创伤急救和颅脑创伤急救等相互独立又相互配合的一个整体。成为岛外功能齐全、技术设备最先进的创伤急救首选，将以最快速度、最优质、最便捷、最好的技术服务理念，服务和提高全区乃至周边地区创伤急救的成功率，减少致残率，降低死亡率。
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腔镜治疗
具有创伤小、痛苦轻、出血少、手术时间短、恢复快、效果好的优点，是当今现代医学发展的趋势，我院先后完成了多台具有国际水平的腹腔镜、关节镜、胸腔镜、脑室镜等手术。尤以妇科疾病（子宫肌瘤、卵巢肿瘤、宫外孕等）的腹腔镜手术，在深度和广度均已达到较高水平。
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肿瘤治疗
厦门市第三医院重点发展的肿瘤科，集手术、放疗、化疗介入为一体，检查、诊断及治疗设施完善，科室依照肿瘤循证诊疗原则，以人为本，对全身各部位的各种肿瘤均通过专家会诊讨论，根据病人的身体状况、肿瘤发生的部位、病理类型、临床分期和发展趋向有计划、合理规范地综合应用各种新技术，慎重、准确、科学选择最有效的诊疗方法。科室人才拔翠，各项目专家全力投入，开展手术治疗、放射治疗、化学药物治疗、选择和超选择介入治疗、内分泌治疗、生物免疫治疗、热疗、止痛治疗等。形成了肿瘤内科、肿瘤外科、放射治疗、介入治疗等肿瘤疾病治疗的整体，有效延长肿瘤患者的生命，提高生活质量。科室条件优越、技术先进、治疗手段齐全，治疗肿瘤的综合实力突出。
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骨科
定编床位数70张，设立在医院病房楼第九和第十层。拥有36名医护人员，其中主任医师3人，副主任医师3人，硕士研究生1人，中级职称人员9人，大学本科毕业的住院医师2人，全科24位护理人员都是经过专科培训的具有娴熟的护理技巧和治疗技术的护理队伍。82张骨科专用床是目前国内较先进的多功能牵引床。骨科拥有上、下肢功能锻炼器、骨科治疗仪、大型C型臂DSA和X光机、床头拍片机。目前的诊疗技术以达到市级医院同等水平，诊疗项目有：颈椎、胸腰椎骨折、脱位或椎间盘突出的前路或后路手术；人工全髋关节、膝关节置换术；骨盆骨折的内固定或外固定；四肢复杂、严重骨折的内固定术；骨或关节感染、结核、肿瘤的手术；关节镜下膝关节病变的微创手术；周围血管、神经、肌腱、韧带损伤的探察修复术，骨关节发育异常及先天畸形的诊治；非手术中西医治疗。
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神经外科
神经外科编制床位80张，现有医生12名，其中主任医师2名，副主任医师2名。配置较先进的设备有：16排螺旋CT、1.5TMRI、血管造影机（DSA）、脑室镜、进口神经外科专用手术显微镜、颅压监测仪、电动及气动开颅钻、德国DOO头架、德国Matin手术床等。目前可开展各种颅脑及脊髓，以显微神经外科为特长，将手术所致的神经损伤降到最低限度。同时对各种疑难病症如：脑干肿瘤、巨大脑垂体瘤、颅内动脉瘤、大脑深部肿瘤、骨髓髓内肿瘤、复杂性颅底肿瘤、颅咽管瘤、巨大脑血管畸形、三叉神经脑血管减压治疗等。引进德国产脑室镜系统广泛应用于脑室内肿瘤、脑积水、脑内血肿的治疗，免除病人常规开颅手术的痛苦。
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神经内科
技术力量雄厚，人员结构合理，现有主任医师1名，副主任医师2名，副主任护师1名，编制床位30张，开放床位46张，病床使用率达102%，危重病抢救成功率90%以上。拥有全套进口16排螺旋CT机、1.5T核磁共振、DSA、TCD、肌电图、诱发电位、脑电图及全套神经康复设备等。在脑血管病的预防、治疗、康复方面独具特色，其中微创颅内血肿清除术、急性脑梗塞早期溶栓术、萃中单元技术达国内先进水平。目前正开展脑血管造影、动脉溶栓、支架成形术以及癫痫血药溶度监测、脑脊液的细胞学检查、神经病理检查。
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普通外科
人才梯队整齐，技术力量雄厚。有教授、硕士研究生导师、主任医师、副主任医师5人，主治医师、医师4人，年住院病人1060人次，各类手术1千台次，治愈好转率达98%。危重病人抢救成功率达85%以上。精湛的技艺，满意的疗效赢得了广大患者的信誉和称赞。科室能独立完成省、市级医院的全部手术项目，其中甲状腺癌根治术，胃、肝、结肠、直肠、胰腺癌的根治性切除手术及低位直肠癌保留肛门手术均达到省内先进水平，尤其对肝脏肿瘤的诊断和治疗具有独到之处。对肝硬化门静脉高压症及各种胃肠疾病导致的上消化道大出血、肝血管瘘、肝脓肿、急性重症胆管炎、胆系结石、重症急性胰腺炎、各类肠梗阻及腹腔各类器官破裂都能通过手术取得良好的效果。微创手术有腹腔镜下胆囊切除、结肠癌、直肠癌切除、十二直肠乳头切开术、胆石取出术，使病人创伤小，痛苦少，临床效果好，胆管结石不开刀，经口取出石头来。
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呼吸内科
呼吸内科设定病床35张，拥有主任医师1人，副主任医师3人，主治医师2人，医师4人，人才梯队结构合理。配置了较为先进设备，如电子气管镜、纤为维支气管镜、肺功能检查仪、多导睡眠监测仪、多功能呼吸机、心电血压监护仪以及其他设备。开展临床项目有：气管镜检查、经气管镜做气管、肺组织活检、支气管刷检、支气管肺泡灌洗、支气管支架置入、肺功能检查、呼吸睡眠监测、套管法胸腔闭式引流术、支气管哮喘规范化治疗等。多数项目达到省、市级先进水平，得到众多患者认可。病床使用率始终保持在100%以上，高峰时接近200%，医疗覆盖面不断扩大，取得了良好的社会效益和经济效益。
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